明清祠堂具有很多功能，明末清初人屈大均曾对广州地区祠堂有一段概述：
其大小宗族祢皆有祠，代为堂构，以壮丽相高，每千人之族，祠数十所，小姓单家，族人不满百者，亦有祠数所。其曰大宗祠者，始祖之庙也。庶人而有始祖之庙，追远也，收族也。追远，孝也；收族，仁也，匪僭也，匪谄也。岁冬至，举宗行礼。主（）者必推宗子，或支子祭告，则其祝文必云：裔孙某，谨因宗子某，敢昭告于某祖某考。不敢专也。其族长于朔望读祖训于祠。养老尊贤，赏惩伐恶之典，一出于祠。祭田之入，有羡则以均分。其子姓富贵，则又为祖祢增置祭田，名曰蒸尝，世世相守。惟士无田不祭，未尽然也。这段话虽短但已经包含了祠堂的几个功能。祠堂首先是供奉祖先牌位的场所，“其曰大宗祠者，始祖之庙也。”徐扬杰将其作为近世宗族的标志之一，同一宗族的聚集在祠堂，祭祀共同的祖先，当一个宗族繁衍发展到很庞大时，还会有支祠等出现。祠堂是举行各类祖先祭祀活动的场所。“岁冬至，举宗行礼。主（）者必推宗子，或支子祭告，则其祝文必云：裔孙某，谨因宗子某，敢昭告于某祖某考。”这是祭祀的形式，主要祭祀的是祖先，总祠有祭祀，支祠也有相应的祭祀活动。祠堂还是宗族尊长向族众宣讲礼法戒律和道德规范的场所。“其族长于朔望读祖训于祠”，这里是族长向族人宣讲族规、家训。祠堂也是宗族成员讨论族中事务的场所，如宗族祭田的收入，祠产的分配等等。此外，族中尊长在祠堂内处理宗族内部纠纷。
家谱中关于修祠堂的记载
家谱载祠堂中的祭祀仪式
上述是祠堂事实意义上的功能，事实上，祠堂还有象征意义上的功能。如屈大均所言，“庶人而有始祖之庙，追远也，收族也。追远，孝也；收族，仁也，匪僭也，匪谄也。”也就是说祠堂蕴含着敬宗收族之意。另外，日本学者田仲一成还认为“孤魂者，有些是被宗族抛弃的。”那么，被宗族抛弃的表现之一就是死后牌位无法进入祠堂，所以也从另一方面指出祠堂的象征意义。
