特色小镇好处有：一是特色小镇的人口集聚与新型城镇化提高户籍人口城镇化率的关系。
特色小镇并不是依托建制镇而建设，而是以产业为核心，聚合文化、生态和服务等资源的功能平台，“镇”在这里是没有户籍管理功能的，小镇“居民”也无法申请进入城镇户籍。要改变这种状况，就要探索功能特色小镇兼并、转隶和直接转化的建制镇形成路径，创新做实特色小镇集聚人口的户籍管理功能，提高户籍人口城镇化率。
二是特色小镇功能区规划设置与特色文旅资源开发的关系。
一般来说，具有深厚人文内涵的特色文化影响范围常常覆盖几十乃至几百平方公里区域。所以，特色小镇重视的文化和旅游资源辐射区会越过其界限范围，导致产生文化、旅游资源的占有、使用和管理问题，比如产生地名、名人、原产地、中国之最等特色资源所有权、名誉权之争。
为此，特色小镇的主管和指导部门应及时发挥协调职能，平息纷争，特别是在制定特色小镇功能区规划之前要加强特色文旅资源历史与现实延续性考察，充分吸收各利益相关方的意见，合理规划设置特色小镇功能区范围。
三是特色小镇的农村资产利用与农村集体经济组织管理权的关系。
特色小镇重视技术、产业、风投等市场资本对农村资源的优化利用，在此过程中势必要涉及到农村集体资产处分问题，首当其冲的便是农村土地使用权问题。另外，特色小镇建设中，市场资本对具有良好生态、丰富文化资源的农村地区的农民房屋有承包托管、改造装修和再出租的需求，对农村宅基地有新增建设需求。
因此，农村集体经济组织要依据相关法律法规，对农民房屋交易、农村宅基地使用权流转进行权益约定，防止集体资产流失和农民权利受损。特色小镇培育创建的责任主体是各县(市、区)，镇人民政府负责做好实施工作，而建设和管理一般以企业为主体。由此，在农村土地使用、农民房屋和宅基地的处分和转让问题上，农村集体经济组织对集体资产的管理功能发挥有赖于与县(市、区)、镇和企业3方的协调与配合，农村集体经济组织的集体行动能力培养将是一个十分紧迫的问题。
四是特色小镇的资源吸收与非特色小镇的发展不公平感之间的关系。
有无入选特色小镇名单，会带来发展资源起点的不平衡。这就会造成非特色小镇加大“特色”资源挖掘力度，甚至通过牵强附会、移花接木等形式演变成“为特色而特色”的人为造“镇”行为，形成重复建设，致使特色小镇差异性不足，功能区定位重合，最终导致特色不“特”，小镇不“小”。
要抑制人为造“镇”冲动，就要将特色小镇的部分优惠发展政策一并施于非特色小镇，鼓励非特色小镇形成自身特色优势，同时要建立特色小镇“能进能出”通道，发挥优惠政策供给和优势资源配置的指挥棒作用，依靠内生动力提高特色小镇含金量。
